2月19日 1999年度大洋协会工作汇报会在北京饭店召开。陈炳鑫理事长代表大洋协会常务理事会汇报了大洋协会关于中国国际海底区域战略的研究成果和一年来大洋协会工作进展以及今年的工作要点。大洋协会常务理事会成员参加了会议。参加会议的各部门领导和代表有：蒋承菘、孙志辉、张炳熹、张序三、杨朝光、潘家柱、刘振民、樊春福、冯记春、郑文元、沈叙建、徐珑、潘文灿、倪岳峰、陈士标、李景光等。
2月14日 大洋协会办公室向国家计委工业司呈报了《关于开展海底天然气水合物资源勘查与研究的建议》的报告。据国际天然气潜力委员会的初步统计，世界各大洋中（包括国际海底区域和国家管辖海域）天然气水合物的总量换算成甲烷气体约为1.8-2.1
X 1016 m3 ，大约相当于全世界煤、石油和天然气等总储量的两倍，被认为是21世纪的新型能源。
2月15日 国家海洋局第二海洋研究所为主“九五”期间完成的《大洋矿产资源勘查与研究》成果，获1999年度国家海洋局科技进步二等奖。
2月22日～26日 应韩国海洋渔业部的邀请，大洋协会秘书长金建才率团访问韩国。
3月7日～9日 大洋协会办公室在青岛召开了“大洋一号”船增改装座谈会。会议就增改装的必要性、可行性，增改装的重点项目、目标等进行了充分的讨论，并成立了“大洋一号”船增改装专家组，成员有：魏文良、吕文正、严宝兴、边信黔、逯松荣、朱继懋、朱维庆、张国祯。随后增补郭彦良为专家组成员。
4月11日～5月13日 国家审计署资源环境审计局对大洋专项经费和大洋协会办公室财务进行了审计。
4月13日 大洋协会办公室决定立足国内，研制一台适用于富钴结壳资源调查、地质与环境研究等要求的浅地层岩芯取样钻机，并向有关单位发出招标邀请书。
5月14日～17日 大洋协会第三届理事会第四次会议暨第九次常务理事会会议在青海省西宁市召开。大洋协会理事、高级顾问和理事代表50余人参加了会议，青海省副省长穆东升到会祝贺。理事会通过了由刘振民接替尹玉标任常务理事和王志远接替万国铭任理事的提议，审议通过了大洋协会工作报告和《国际海底区域研究开发“十五”计划》，听取了各业务依托部门的工作汇报。会议要求尽快起草上报给国务院的请示件。
5月24日 大洋协会办公室在北京召开了浅地层岩芯取样钻机评标会。这是大洋协会项目管理引入竞争机制的一次重要尝试。共收到标书四份，长沙矿山院和第二海洋研究所合作的标书中标。
6月26日～30日 国际海底管理局在第三次研讨会在金斯敦召开。这次会议是国际海底管理局成立以来第一次涉及多金属结核资源以外“区域”内其他资源的研讨会。
7月13日 国际海底管理局第76次会议审议通过了《“区域”内多金属结核矿探矿规章》（采矿法典）。会议还对国际海底管理理事会进行了换届，中国在B组连任4年。
7月17日 大洋协会高级技术顾问、著名地质学家、中国科学院院士张炳熹先生在北京逝世，享年81岁。张炳熹先生从1987年8月到1992年担任联合国海底筹委会技术专家组成员。
7月21日 国际海底管理局秘书长南丹致信给大洋协会秘书长金建才，通报有关签订《勘探合同》的事宜。8月10日，南丹秘书长就此事再次致信金建才秘书长。
9月7日～9日 “大洋一号”船增装、改装工程方案设计投标评审会在上海召开。“十五”期间拟对船上的工作舱室、生活条件、甲板收放系统进行较大改装，并加装动力定位系统和计算机数据网络系统。评审专家组由15名专家组成，沈闻荪院士任组长。中国船舶工业总公司上海七O一所的方案中标。
9月12日～22日 国际海底管理局副秘书长奥得坦先生访问大洋协会。奥得坦先生分别在北京、杭州介绍了国际海底管理局最近的工作进展，与大洋协会的专家共同探讨了勘探合同等问题。
9月29日 大洋协会第三届理事会常务理事会第十次会议在北京召开。会议审议了拟与国际海底管理局签订勘探合同文本和2001年工作计划与预算草案，审议了《关于国际海底区域工作有关问题的请示》和上报程序。
9月11日～13日 大洋协会办公室在杭州对9个研究课题进行了验收，其中2个课题被评为优秀，7个课题被评为合格。
10月10日 大洋协会原高级法律顾问、国际海洋法法庭法官赵理海先生在北京病逝，享年84岁。
10月19日 大洋协会通过国家海洋局、国土资源部、外交部、科学技术部、国家冶金工业局、国家有色金属工业局联合上报国务院《关于国际海底区域工作有关问题的请示》该请示件提出了中国在国际海底“持续开展深海勘查、大力发展深海技术、适时建立深海产业”的面向21世纪的工作方针；请示内容主要有三项：1）由勘探开发多金属结核资源扩展、调整为开发利用“区域”的多种资源；2）在大洋多金属结核专项基础上，加大其他深海资源的勘查力度，特别是富钴结壳资源，确保中国在需要时能够提出其他资源的申请矿区；3）明确由在联合国登记注册的大洋协会组织中国在国际海底的活动。
11月6日 大洋协会办公室上报国家海洋局《关于﹤“区域”内多金属结核资源勘探合同﹥有关问题的请示》。
11月7日 大洋协会办公室上报财政部《关于﹤“区域”内多金属结核资源勘探合同﹥有关问题的请示》。
11月9日 国家海洋局批复同意大洋协会办公室聘任制和机构改革方案，明确了管理体制和运行机制、基本任务、机构设置与人员编制。
11月21日 国务院领导朱总理、李岚清、钱其琛、吴邦国、温家宝、吴仪批示同意《关于国际海底区域工作有关问题的请示》。
12月3日～23日 大洋协会办公室船舶增改装专家组访问挪威、英国、美国。
12月28日 到2000年底，大洋协会办公室分别在北京、青岛、长沙对符合验收条件的课题46个分批进行了验收，其中优秀9个，合格34个；尚有部分课题按照课题合同随后完成并验收。