环境规则是管理局在其关于《“区域”内多金属结核探矿和勘探规章》中为自己和海底承包者规定的义务的一个主要部分。为保护和保全海洋环境，管理局有义务制定环境规则、规章和程序。同时，每一承包者应“尽量在合理的可能范围内，利用其可获得的最佳技术，采取必要措施防止、减少和控制其’区域’内活动对海洋环境造成的污染和其他危害。”

多金属结核勘探规章还规定，如承包者活动对海洋环境造成严重损害，管理局秘书长可立即采取临时性措施，以防止、控制和减轻这种损害；理事会接着可发布紧急命令，其中可包括暂停或调整作业的命令。如果承包者不迅速遵从紧急命令，理事会可自行采取或通过他方采取行动。沿海国有理由认为其海洋环境受到威胁的可就此通知秘书长。秘书长应向承包者提供审查证据和提出意见的机会。在发现考古或历史文物时，承包者应通知秘书长并采取一切合理措施避免扰动文物。

管理局通过多金属结核勘探规章，建立了监测和保护“区域”内海洋环境的综合法律制度。2001年，根据有关研讨会提供的资料，法律技术委员会核可了指导承包者评估多金属结核勘探活动对环境造成的影响的建议。管理局并通过研讨会，制定环境标准，在规范承包者收集具有国际可比性的环境资料时应当遵守的具体程序及技术方面提出了要求。

管理局目前已着手考虑其他两类资源，即多金属硫化物和富钴结壳的探矿和勘探规章。这两类资源的勘探可能引起不同、甚至更严重的环境问题。