1、利用不同的培养基和不同的富集方法分离获得硫氧化细菌、铁还原细菌、硫酸盐还原菌、真菌、放线菌901株，鉴定发表16株细菌新种。对100多株初选菌株进行了液体发酵，筛选到15株高效抑制黄曲霉毒素产生的菌株。开展产油真菌筛选，获得60株产油真菌。

2、调查和分析了西南印度洋及西北印度洋39个样品的微生物群落结构多样性及其与环境因子相关性。初步解析铁还原菌Kocuria sp. FXJ8.057三价铁还原机理；完善了微生物单细胞基因组微体积扩增和分析平台。

3、在大洋32航次开展现场微生物分样和培养实验,获得9个未培养微生物的基因组片段。分离结核结壳区微生物800余株，发现并发表15个微生物新种。测序获得3个基因组完成图。

4、从西南印度洋热液口多金属硫化物中分离嗜热噬菌体，提取并扩增噬菌体基因组，进行宏基因组测序。

5、建立了基于发酵条件优化与色谱和波谱为导向的深海微生物菌株的培养方法；建立了发酵物的快速前处理与代谢产物的快速萃取技术。完成了100株海洋微生物代谢产物指纹图谱的分析、300株微生物馏分制备、500株微生物培养物的HPLC-DVD分子指纹图。对20株微生物进行系统的化学成分研究,分离并鉴定了114种特殊结构的深海天然产物的结构,其中70种为新颖结构化合物.

6、完成了对800多株海洋微生物代谢产物的分析整理工作，并逐步建立线上多方共享的深海细菌化学指纹图谱数据库平台。发现7株活性菌株，从中分离到具有生物活性的新化合物24个。

7、克隆了21个编码潜在药物靶点的基因至哺乳类细胞表达及果蝇与斑马鱼转基因载体。

8、从来源于不同海域（印度洋、大西洋、南海）不同生境环境（海水、沉积物）样品中分离出300余株深海微生物菌株。

9、构建了2个深海沉积物宏基因组文库。

10、从大西洋等不同海域样品中分离得到7个海洋细菌新种（属），完成了系统鉴定工作；基于基因组信息提出了划分微生物属的界限标准。

11、从大洋样品中分离、纯化、产电微生物，研究其形态特征、生理生化特征并进行鉴定；采用不同的电子供体，考察特异性菌株或菌群脱氯、脱硝、脱铀行为；考察底物浓度及对产电微生物的代谢行为的影响，考察微生物燃料电池运行稳定性。