2013年，深海（微）生物勘探与资源潜力评价重大项目完成126个深海样品或富集物的多样性分析；完成1668株深海微生物的初步分离鉴定，其中300株完成保藏工作； 鉴定15个微生物新种；完成36株微生物基因组测序分析； 开展了1种深海样品的环境基因组测序分析；开展了硫氧化菌、铁还原菌的分离；

此外，项目还完成了西南、西北印度洋21、22、26航次6个样品的高通量测序，并系统分析了10个样品中微生物群落结构；采集了28航次样品，培养获得了9个属的30株深海放线菌，及40个属的190株深海细菌，并进行了保藏，从中获得了参与元素循环的功能类群；获得了3个新种，2个新化合物；分析了2个潜力菌株的基因组；构建了3个样品的元基因组文库，并从中筛选获得22个目标水解酶阳性克隆；完成了搭建微生物单细胞分选和单细胞基因组扩增平台的准备工作；

在大洋29航次（第二航段）期间，针对结核与结壳区沉积物和结核样品，开展了微生物16S rRNA基因测序与多样性分析，发现不同结核内部微生物多样性差异显著；分离结核结壳区微生物1200余株；发现并发表11个微生物新种；构建2个宏基因组文库，基于文库筛选和测序分析，探讨海山生态系统中微生物的生态功能，发现在富钴结壳海山生态系统中，氮循环是一种极其重要的生物地球化学循环过程。