但是，关于申请费问题以及相关的管理局监督勘探合同的费用问题却由于秘书长的一份报告成为各国分歧的焦点。秘书长在“为处理请求核准勘探工作计划的申请书支付的规费状况及有关事项”（ISBA/18/C/3）报告中指出，结核规章规定的25万美元不足以支付处理申请的费用，硫化物规章规定的5万美元“初次规费”显然不足以支付处理申请的费用（我硫化物勘探工作计划申请的实际处理费用约为22.3万美元，虽然我初次只交5万美元，但如果按照《规章》规定的放弃时间表，秘书处计算出15年我共需缴纳80万美元），此外，管理局对勘探合同的日常管理也需要资金，据估计，这些费用约占管理局行政预算的15至20%，当前是由各成员国分摊。秘书长建议理事会审查多金属结核申请费的数额，使其至少与《硫化物规章》规定的“一次性付款”的50万美元保持一致；请理事会审议《硫化物规章》中关于“初次规费”的规定，以确保其足以支付处理申请的行政费用，同时对潜在申请方而言仍然是个有吸引力的备选办法；请理事会考虑，是否应当制订根据“使用者付费”原则回收费用的制度，以支持管理局因直接管理勘探合同而开展的工作。

各方普遍赞同提高申请费，巴西、中国、荷兰等就如何修改第21条提出各种方案。同时，巴西、阿根廷、加拿大、喀麦隆、塞内加尔等提出与之相关的第30条（每5年的定期审查）也需要修改，应根据“使用者付费”的原则规定由合同申请者支付管理局持续管理合同的费用，理事会先确定“财政原则”，具体的数字可由财委建议，巴西建议由承包者缴纳10万美元的年费。英国、法国等虽然认为管理合同的费用不应由成员国分摊，不反对巴西等国提出的原则，但认为该原则不够明确，担心同意该原则就相当于开了一张空头支票，强调细节是关键，承包者需要“确定性”，需要明确知道哪些具体的费用由其承担。

德国、日本、肯尼亚、南非、越南等希望采取一个“简单”的解决办法，就是通过提高申请费同时解决管理局处理申请的费用和日常管理合同的费用。

关于申请者缴纳的申请费超过管理局实际处理申请费用的余额问题，规章规定管理局应返还申请者，巴西、南非和越南等认为不应返还，但法国、日本、俄罗斯、塞内加尔和美国强调《公约》规定了应该返还。秘书长认为，硫化物规章的两种缴费方式中，返还只适用于“一次性付款50万美元”的情形，不适用于“分期付款”。

荷兰质疑硫化物规章中规定的申请费“分期付款”方式，认为应取消该方式。秘书处法律顾问解释“分期付款”是采矿业通常的缴费方式，旨在鼓励承包者更快地完成工作。

中方认为，管理局因管理合同而产生的费用问题是一个涉及广泛的一般性问题，单通过修改规章第30条无法解决，就像试图“使大象通过一个小窗户”；目前缺乏对管理局管理合同费用的详细说明，问题的性质和影响并不清楚，建议由财委进行研究后再由理事会审议。

会议最后通过决定，注意到财务委员会已请秘书长在2013年年会上提交一份报告，说明为保证不由成员国承担管理局与承包者之间合同的管理和监督费用而可能采取的措施，请财务委员会作为第一优先事项向第19届会议报告其为建立秘书长报告建议的费用回收制度所采取的措施；并决定在第19届会议上审议这个问题，以便在该届会议上作为紧急事项，通过充分符合《公约》和《协定》的措施。

7月26日，理事会通过《“区域”内富钴铁锰结壳探矿和勘探规章》，同时，就处理可能的重叠主张问题，在决定中规定了与处理多金属硫化物矿区申请相同的措施。从7月26日起180天内，秘书长如果在收到富钴结壳勘探工作计划申请书后30天内，又收到一份或多份与相同区域重叠的富钴结壳勘探工作计划申请书，应立即通知所有有关申请者。有关申请者，在适用情况下包括其担保国，应争取尽快解决与重叠申请有关的任何冲突。秘书长可进行斡旋，调和重叠的申请，并在适当情况下提议解决办法。任何有关申请者均可在秘书长发出通知90天内修正其申请书，以解决申请相互重叠的问题。若重叠申请在秘书长发出通知之日起90日内未得到解决，秘书长则须就重叠申请及其为解决这些申请而进行的努力，向理事会及法技委提出报告。法技委应在收到这一报告后90天内提出适当的建议，供理事会审议重叠申请时参考，其中要考虑到所有相关因素，包括：(a) 重叠申请所涉区域内已发现的富钴结壳地点的位置和数目，以及每次发现的日期；(b) 重叠申请所涉区域内已进行的富钴结壳调查活动的工作量、连续性和范围；(c) 在重叠申请所涉区域内已进行的此类调查活动的财务费用；(d) 秘书长收到每项申请的日期。